Die NKF1-Familie wurde ursprünglich in der menschlichen Genomdatei als "neue Kinasefamilie 1" definiert. Diese Familie ist in den meisten Tieren zu finden, aber kein Mitglied hat gute Eigenschaften.

Evolution

NKF1 ist in den meisten Tieren und Flagellaten zu finden. Drei Mitglieder wurden beim Menschen gefunden: SBK, SgK069 und SgK110.

Funktionen

SBK (SH3-bindende Domäne Kinase) wurde als einer der interagierenden Partner der Fas SH3-Domäne identifiziert und ist ein reichhaltiges Transkript im Gehirn der Ratte. Es wurde kürzlich gezeigt, dass es ein Überlebensfaktor für Ovarialkarzinom-Zelllinien ist und abnormal in Krebs exprimiert wird. Cosmic berichtet über zwei Arten von Krebs-Mutationen in SBK1 und keine Mutationen in SBK2 (SgK069/SgK110) durch großangelegte Neusequenzierung. Xenopus-Homologe (Pk9.7, auch bekannt als SBK1, obwohl wahrscheinlich keine echten Orthologe) wurden berichtet, dass sie nur während der Blastozysten- und gastrointestinalen Entwicklung exprimiert werden und die Mikrotubuli-Kontrolle betreffen. Unter den beiden Fruchtfliegen-Homologen ist CG11221 uncharakterisiert, während CG4595 einige Hochdurchsatzdaten hat. Es wird selektiv im Gehirn exprimiert. Die Wurm-Gene C01C4.3 sind ebenfalls nicht charakteristisch.

SH3-Domäne

Die SRC-Homologie 3-Domäne (oder SH3-Domäne) ist eine kleine Proteindomäne von etwa 60 Aminosäureresten. Ursprünglich wurde SH3 als eine konservierte Sequenz im viralen Adaptorprotein v-Crk beschrieben. Diese Domäne ist auch in Molekülen der Phospholipase und mehreren zytosolischen Tyrosinkinasen wie Abl und Src vorhanden. Sie wurde auch in mehreren anderen Proteinfamilien gefunden, wie: PI3-Kinase, Ras-GTPase-aktivierendes Protein, CDC24 und cdc25. SH3-Domänen sind in Signalweg-Proteinen vorhanden, die das Zytoskelett regulieren.

Abbildung 1. Ribbon-Diagramm der SH3-Domäne.

Struktur der SH-Domäne

Die SH3-Domäne hat eine charakteristische β-Fass-Faltung, die aus fünf oder sechs β-Strängen besteht, die in zwei eng gepackten antiparallelen β-Faltungen angeordnet sind. Der Verbindungsbereich kann eine kurze Helix enthalten. SH3-Typ-Faltungen sind alte Faltungen, die in Eukaryoten und Prokaryoten vorkommen.

Peptidbindung

Klassische SH3-Domänen sind normalerweise in Proteinen zu finden, die mit anderen Proteinen interagieren und die Assemblierung spezifischer Protein-Komplexe vermitteln, normalerweise durch die Bindung der jeweiligen prolinbindenden Peptide an ihre jeweiligen Bindungspartner. Bei Menschen ist die klassische SH3-Domäne auf intrazelluläre Proteine beschränkt, obwohl die kleine menschliche MIA-extrazelluläre Proteinfamilie auch Domänen mit SH3-ähnlichen Faltungen enthält.

Viele SH3-bindende Epitope von Proteinen haben Konsenssequenzen und können als reguläre Ausdrücke oder kurze lineare Motive ausgedrückt werden:

Abbildung 2. Konsenssequenzen der SH3-bindenden Epitope.

Wobei 1 und 4 aliphatische Aminosäuren sind, 2 und 5 immer 3 und manchmal Prolin. Diese Sequenz bindet an die hydrophobe Tasche der SH3-Domäne. Kürzlich wurde die SH3-Domäne beschrieben, die an das Kernkonsensmotiv R-x-x-K bindet. Beispiele sind die C-terminale SH3-Domäne von Adapterproteinen wie Grb2 und Mona (auch bekannt als Gads, Grap2, Grf40, GrpL usw.). Andere SH3-bindende Motive sind während verschiedener molekularer Studien aufgetaucht und tauchen weiterhin auf, was die Vielseitigkeit dieser Domäne hervorhebt.

Referenz

1. Koch CA; et al. SH2 and SH3 domains: elements that control interactions of cytoplasmic signaling proteins. Science. 1991, 252 (5006): 668-74.