Mechanismusmodellierung und -untersuchung

Die computerunterstützte Mechanismusmodellierung nutzt molekulare Simulationen, um den spezifischen katalytischen Mechanismus eines Enzyms zu untersuchen, indem die katalytischen Bindungstaschen für Cofaktoren und Substrate definiert werden. Ausgehend von der Modellierung und Ableitung spezifischer struktureller Merkmale von Proteinen können molekulare Mechanismen und die funktionale Erhaltung von Proteinen, insbesondere aus derselben Familie, gründlich analysiert werden. Der Nutzen dieser Studie ermöglicht die gezielte Entwicklung und Konstruktion spezifischer Biokatalysatoren mit neuartigen Aktivitäten und einzigartiger Spezifität für wertvolle Herstellungsprozesse.

Verschiedene Algorithmen, Software und Datenbanken wurden für die molekulare Modellierung verschiedener Aspekte entwickelt, darunter Analysen der Domänenarchitektur, Vorhersage der Sekundärstruktur, Homologiemodellierung, Protein-Docking-Prozesse, Clusteranalysen und viele andere. Im Allgemeinen bietet die Mechanismusmodellierung ein umfassendes Verständnis von (i) der Struktur und Charakterisierung des Zielbiokatalysators; (ii) den strukturellen Ähnlichkeiten und Unterschieden des Zielbiokatalysators zu seinen Familienmitgliedern; (iii) den Implikationen des Polymorphismus; (iv) der molekularen Umgebung der Substratbindetasche des Zielproteins für die Erkennung und Interaktion mit Cofaktoren und Substraten; (v) der Modellierung des katalytischen Mechanismus; (vi) der strukturellen und molekularen Basis für die Konstruktion biosynthetischer Anpassungsenzymreaktionen zur Erzeugung neuer aktiver Verbindungen; (vii) den Implikationen der molekularen Variabilität von Epitopen.

Creative Enzymes bietet computerunterstütztes molekulares Design zur Untersuchung des katalytischen Mechanismus sowie anderer Charakterisierungen von Zielbiokatalysatoren an. Ermöglicht durch unsere fortschrittlichen Algorithmen und Datenbanken bieten wir professionelle Rundum-Dienstleistungen an:

• Modellierung der strukturellen Merkmale von Proteinen.
• Modellierung der Bindungstasche.
• Modellierung des katalytischen Mechanismus.
• Entwurf von Ingenieurstrategien.
• Softwareentwicklung.