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Professionelle und kostensparende Lösungen

Einzel-Molekül-Kinetik

Die Einzelmolekülkinetik bietet eine unvergleichliche Perspektive auf die enzymatische Aktivität, indem sie einzelne Enzymmoleküle anstelle von Ensemble-Mittelwerten untersucht. Dieser Ansatz ermöglicht die Beobachtung von transienten Zuständen, konformationeller Heterogenität und stochastischen Verhaltensweisen, die in Messungen im Bulk häufig verborgen bleiben. Durch den Einsatz fortschrittlicher Einzelmolekül-Detektionstechnologien ermöglicht Creative Enzymes Forschern, präzise, mechanistische Einblicke in Enzymfunktion, -regulation und -dynamik zu gewinnen.

Verständnis der Einzelmolekülkinetik

Die Einzelmolekülkinetik ist ein hochmodernes Verfahren, das das Verhalten von Enzymen auf der Ebene einzelner Moleküle untersucht und so Einblicke liefert, die in Ensemble-Mittelwertmessungen verborgen bleiben. Im Gegensatz zu traditionellen Bulk-Assays, die die durchschnittliche Aktivität von Millionen Molekülen beobachten, umfassen Einzelmolekültechniken:

  • Einzelmolekül-Fluoreszenz (z. B. FRET, TIRF-Mikroskopie): Verfolgt konformationelle Veränderungen, Bindungsereignisse oder katalytische Umsätze durch Überwachung fluoreszenter Signale auf Ebene einzelner Enzymmoleküle.
  • Optische Pinzetten / Magnetische Pinzetten: Wenden mechanische Kräfte an, um enzymgetriebene Bewegungen wie DNA/RNA-Entwindung oder Protein-Faltung in Echtzeit zu messen.
  • Rasterkraftmikroskopie (AFM): Bietet eine Auflösung im Nanobereich, um strukturelle Veränderungen oder mechanische Eigenschaften während der Enzymkatalyse zu überwachen.
  • Nanoporen-Sensoren: Detektieren Substratumwandlung oder Produktfreisetzung als Änderungen im Ionenstrom, wenn Moleküle eine Nanopore passieren.

Neue Einblicke gewinnen

  • Heterogenität: Enzyme desselben Typs können unterschiedliche katalytische Raten, konformationelle Dynamiken und transiente Pausen aufgrund stochastischer Schwankungen aufweisen.
  • Intermediärzustände: Direkte Beobachtung kurzlebiger Zwischenprodukte und seltener Ereignisse (z. B. Substratbindung, konformationelle Veränderungen).
  • Mechanistische Details: Echtzeit-Tracking von katalytischen Zyklen, Prozessivität (z. B. bei Polymerasen) und kraftabhängiger Kinetik (z. B. Motorproteine).

Anwendungen

  • Auflösung dynamischer Unordnung beim Enzymumsatz.
  • Untersuchung allosterischer Regulation und Kofaktor-Interaktionen.
  • Entwicklung präziser Biokatalysatoren mit maßgeschneiderten Eigenschaften.

Durch das Umgehen von Ensemble-Mittelwerten offenbart die Einzelmolekülkinetik das gesamte Spektrum des enzymatischen Verhaltens, verfeinert Katalysemodelle und unterstützt die Wirkstoffentwicklung.

Unsere Serviceleistungen

Service-Workflow

Workflow of single-molecule enzyme kinetics service

Servicebeschreibung

Creative Enzymes bietet umfassende Analysedienstleistungen zur Einzelmolekülkinetik, die hochauflösende Instrumentierung mit proprietärer Assay-Entwicklung kombinieren. Wir sind spezialisiert auf:

  • Echtzeitüberwachung einzelner Enzymumsatzereignisse.
  • Detektion und Quantifizierung von Zwischenzuständen und transienten Konformationen.
  • Analyse der Heterogenität innerhalb von Enzympopulationen.
  • Untersuchung von Prozessivität, Pausen und Verteilungen der katalytischen Raten.
  • Integration von fluoreszenten, FRET-basierten und anderen Einzelmolekül-Markierungsstrategien.

Unsere Plattform ist sowohl für natürliche als auch für modifizierte Enzyme aus verschiedenen Familien und mit unterschiedlichen Substraten geeignet und wird auf die spezifischen Forschungsbedürfnisse jedes Kunden zugeschnitten.

Proben und Ergebnisse

Was Sie bereitstellen

  • Gereinigte Enzyme oder Enzym-Substrat-Komplexe.
  • Informationen zum gewünschten Substrat, zur Markierungsstrategie oder zu den experimentellen Bedingungen.

Was Sie erhalten

  • Einzelmolekül-Aktivitätsspuren und statistische Analysen.
  • Quantitative kinetische Parameter, einschließlich Umsatzraten, Verweilzeiten und Prozessivitätsmetriken.
  • Visuelle Darstellungen von Einzelmolekül-Ereignissen und Populationsheterogenität.
  • Detaillierte Berichte und Interpretation der beobachteten kinetischen Verhaltensweisen.

Kontaktieren Sie unser Team

Vorteile der Wahl von Creative Enzymes

Hohe Auflösung

Erfassung von transienten und seltenen katalytischen Ereignissen, die mit Ensemble-Techniken nicht zugänglich sind.

Anpassbare Assays

Flexible Ansätze für verschiedene Enzymtypen, Substrate und Markierungsanforderungen.

Expertise in Dateninterpretation

Fortschrittliche statistische Modellierung zur Gewinnung umsetzbarer Einblicke in Einzelmolekülverhalten.

Modernste Instrumentierung

Zugang zu modernster Fluoreszenzmikroskopie, TIRF, smFRET und anderen Einzelmolekül-Detektionsplattformen.

Vertraulichkeit und Zuverlässigkeit

Sichere Handhabung proprietärer Proben mit reproduzierbaren, hochwertigen Daten.

Beratung vor und nach dem Projekt

Fachkundige Unterstützung zur Verfeinerung Ihrer Assay-Anforderungen und Interpretation Ihrer Ergebnisse.

Repräsentative Fallstudien

Fall 1: Einzelmolekülkinetik der DNA-Polymerase für das Screening von Krebsmedikamenten

Kundenherausforderung:

Ein Pharmaunternehmen entwickelt Nukleotid-Analoga als DNA-Polymerase-Inhibitoren. Traditionelle Bulk-Enzym-Assays maßen die durchschnittliche Polymeraseaktivität und verdeckten so Heterogenität bei der Inhibitorbindung und seltene Pausenereignisse. Dies erschwerte das Verständnis, wie Analoga die Polymerase-Prozessivität beeinflussten, und erschwerte die Wirkstoffoptimierung.

Lösung:

Wir führten Einzelmolekül-Fluoreszenz-Assays mit Zero-Mode-Waveguides (ZMWs) durch, um die Aktivität der DNA-Polymerase in Echtzeit auf Einzelmolekülebene zu beobachten. Der Assay überwachte die Einbindung fluoreszenter Nukleotide und quantifizierte Pausenfrequenzen, Stoppereignisse und Prozessivität in Anwesenheit von Nukleotid-Analoga.

Ergebnis:

  • Zeigte, dass ein Leit-Analogon häufiges Stoppen an bestimmten DNA-Motiven verursachte und so seine Selektivität erklärte.
  • Ermöglichte die präzise Berechnung kinetischer Parameter (kcat, Km) für einzelne Enzymmoleküle.
  • Unterstützte das rationale Design von Analoga mit verbesserter Hemmung und reduzierten Off-Target-Effekten.

Fall 2: Einzelmolekülkinetik der Glycosyltransferase für das industrielle Enzym-Engineering

Kundenherausforderung:

Ein Biotech-Unternehmen optimiert Glycosyltransferasen für das Glycoengineering therapeutischer Proteine. Bulk-Assays mitteln die Heterogenität von Enzym-Substraten aus, was die Identifizierung von Enzym-Subpopulationen mit langsamen Umsätzen oder seltenen Off-Target-Reaktionen erschwert. Diese Faktoren beeinflussten die Gesamtausbeute und die Gleichmäßigkeit der Glykane.

Lösung:

Wir setzten Einzelmolekül-Fluoreszenz-Resonanzenergietransfer (smFRET) ein, um die Substratbindung, Katalyse und Produktfreisetzung einzelner Glycosyltransferase-Moleküle in Echtzeit zu überwachen. Die Daten lieferten Verteilungen der katalytischen Raten und zeigten transiente Zwischenzustände, die in Ensemble-Messungen unsichtbar waren.

Ergebnis:

  • Identifizierte Subpopulationen von Enzymmolekülen mit 10–15 % höherer katalytischer Effizienz, was Mutagenese-Strategien leitete.
  • Optimierte Reaktionsbedingungen zur Maximierung produktiver Enzymkonformationen.
  • Steigerte die Ausbeute beim Glycoengineering um ~25 % und verkürzte die Entwicklungszeiten für therapeutische Proteinvarianten.

FAQs

  • F: Für welche Enzymtypen eignet sich die Einzelmolekülkinetik?

    A: Unsere Plattform ist für eine Vielzahl von Enzymen geeignet, darunter Hydrolasen, Transferasen, Ligasen, Polymerasen und Motorproteine, sofern das Enzym-Substrat-System entsprechend markiert und überwacht werden kann.
  • F: Wie viel Probe wird benötigt?

    A: Einzelmolekülstudien erfordern in der Regel Konzentrationen im niedrigen Nanomolar- bis Pikomolarbereich, was die benötigte Enzymmenge im Vergleich zu Bulk-Assays deutlich reduziert.
  • F: Können Sie kinetische Parameter liefern, die mit der klassischen Michaelis-Menten-Analyse vergleichbar sind?

    A: Ja, wir ermitteln klassische kinetische Kennzahlen, einschließlich Umsatzraten und katalytischer Effizienzen, und bieten darüber hinaus Einblicke in Heterogenität und transiente Zustände, die in Ensemble-Messungen nicht zugänglich sind.
  • F: Sind Markierungsstrategien im Service enthalten?

    A: Ja, wir beraten zu fluoreszenten oder anderen Markierungsmethoden und können die Markierung bei Bedarf als Teil der Assay-Entwicklung integrieren.
  • F: Wie lange dauert eine typische Einzelmolekülkinetik-Studie?

    A: Die Dauer hängt von der Komplexität des Assays, dem Enzymtyp und der Markierungsstrategie ab, aber die meisten Studien werden innerhalb von 4–8 Wochen von der Probenabgabe bis zum Abschlussbericht abgeschlossen.

Referenzen:

  1. Eid J, Fehr A, Gray J, et al. Real-time DNA sequencing from single polymerase molecules. Science. 2009;323(5910):133-138. doi:10.1126/science.1162986
  2. Gordon MT, Ziemba BP, Falke JJ. Single-molecule studies reveal regulatory interactions between master kinases PDK1, AKT1, and PKC. Biophysical Journal. 2021;120(24):5657-5673. doi:10.1016/j.bpj.2021.10.015
  3. Turunen P, Rowan AE, Blank K. Single‐enzyme kinetics with fluorogenic substrates: lessons learnt and future directions. FEBS Letters. 2014;588(19):3553-3563. doi:10.1016/j.febslet.2014.06.021

Nur für Forschung und industrielle Verwendung, nicht für den persönlichen medizinischen Gebrauch.

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